Onimanji, un ninja samouraï qui a été maudit et enfermé dans une urne pendant plus de 600 ans, est ressuscité à l'époque moderne par la société de tueurs à gages, Kika Company. Bien qu'il soit un maître du sabre, Onimanji doit faire face aux nombreux défis du 21ème siècle. Il fait équipe avec Kika, sa supérieure, femme fatale à la tête froide et son collègue Shigeru, un assassin maladroit. Ensemble ils vont affronter des forces surnaturelles maléfiques, tout en luttant contre leur rivale, la Natsumegu Company.